一次偶然的发现vs2008 sp1生成manifest文件中vc++ runtime的版本号为9.0.21022.8，而sp1的vc++ runtime的版本应该是9.0.30729.1。
google了一下，发现有人说这是vs2008 sp1的bug，并提交到ms的feedback:VC9 SP1 generates manifests with the wrong version number。
然而今天查看了msdn，事实上这并不是一个bug。MSDN:重新分发应用程序并将其绑定到特定库
其中默认绑定行为有下面描述
本节介绍用 Visual C++ 2008 和更高发行版编译的应用程序的默认行为。在编译应用程序时，它会绑定到可用库的原始发行版。即使您的计算机上安装了更高的发行版本，也是如此。例如，如果您的计算机上安装了 Visual C++ 2008 SP1，则在此计算机上编译的任何应用程序都仍将依赖 Visual C++ 2008 的原始发行版。
并附带一个说明
如果您的应用程序依赖最新发行版中引入的功能，则必须分发并重新安装新库，否则应用程序将无法运行。
由此可以发现vs2008 sp1生成的manifest并不是错误的，而且从process explorer中查看应用程序调用的vc++ runtime的版本号你会发现实际上调用的是9.0.30729.1。至于原理请参考MSDN:Visual C++ Libraries as Shared Side-by-Side Assemblies。
如果你想强制manifest中vc++ runtime为9.0.30729.1
可以使用下面的代码
如果希望强制应用程序要求在计算机上安装最新的库，请使用下面的一行或多行代码：
#define _BIND_TO_CURRENT_CRT_VERSION 1;
#define _BIND_TO_CURRENT_ATL_VERSION 1;
#define _BIND_TO_CURRENT_MFC_VERSION 1;
#define _BIND_TO_CURRENT_OPENMP_VERSION 1;
借助下面的代码行，可以将应用程序绑定到所有 Visual C++ 库的当前版本。此代码行的效果是上面所有代码行的效果之和。
#define _BIND_TO_CURRENT_VCLIBS_VERSION 1;
说明:
建议您在命令行级别定义这些宏。如果您更愿意在代码中包括这些定义，则必须将它们放在每个编译单元的最前面，例如 stdafx.h 中的前几行。
如果将应用程序绑定到一组库，则在装有这些库的早期版本的计算机上，应用程序将无法运行。如果将应用程序绑定到由最少库组成的特定版本，则建议您随应用程序一起提供所需版本的库。
#define _BIND_TO_CURRENT_CRT_VERSION 1;
#define _BIND_TO_CURRENT_ATL_VERSION 1;
#define _BIND_TO_CURRENT_MFC_VERSION 1;
#define _BIND_TO_CURRENT_OPENMP_VERSION 1;
借助下面的代码行，可以将应用程序绑定到所有 Visual C++ 库的当前版本。此代码行的效果是上面所有代码行的效果之和。
#define _BIND_TO_CURRENT_VCLIBS_VERSION 1;
说明:
建议您在命令行级别定义这些宏。如果您更愿意在代码中包括这些定义，则必须将它们放在每个编译单元的最前面，例如 stdafx.h 中的前几行。
如果将应用程序绑定到一组库，则在装有这些库的早期版本的计算机上，应用程序将无法运行。如果将应用程序绑定到由最少库组成的特定版本，则建议您随应用程序一起提供所需版本的库。
不过有一个弊端，如果使用了vs2008编译的不带相关宏的静态库，这时manifest中会出现下面这种情况。只有定义相关的宏重新编译所用到的lib才会只有第一个Microsoft.VC90.CRT的描述。
<dependency>
<dependentAssembly>
<assemblyIdentity type='win32' name='Microsoft.VC90.CRT' version='9.0.30729.1' processorArchitecture='x86' publicKeyToken='1fc8b3b9a1e18e3b' />
</dependentAssembly>
</dependency>
<dependency>
<dependentAssembly>
<assemblyIdentity type='win32' name='Microsoft.VC90.CRT' version='9.0.21022.8' processorArchitecture='x86' publicKeyToken='1fc8b3b9a1e18e3b' />
</dependentAssembly>
</dependency>
<dependentAssembly>
<assemblyIdentity type='win32' name='Microsoft.VC90.CRT' version='9.0.30729.1' processorArchitecture='x86' publicKeyToken='1fc8b3b9a1e18e3b' />
</dependentAssembly>
</dependency>
<dependency>
<dependentAssembly>
<assemblyIdentity type='win32' name='Microsoft.VC90.CRT' version='9.0.21022.8' processorArchitecture='x86' publicKeyToken='1fc8b3b9a1e18e3b' />
</dependentAssembly>
</dependency>
